Yapı altınbaşlı Meryem Kilisesi( Chrysokephalos) olarak adlandırılmıştır. Yapılışı 914 yılına kadar inmektedir. Bu yapının manastır içerisinde bazilikalı planlı olarak yapıldığı sanılmaktadır. Bugünkü planın esası 12. yüzyılda gerçekleştirilmiş olmalıdır. Araştırmacılar yapının 6 esas onarım devri geçirdiğini belirtmişlerdir. Kuzey girişi 14. Yüzyılda inşa edilmiştir.

Trabzon’un kurtarıcı ve koruyucu azizi Eugenios’a ithaf edilmiştir. İlk kilisenin ne zaman yapıldığı bilinmemektedir. Araştırma cılar ilk yapının bazilika olduğunu belirtmektedir. Ayrıca 1291 yılına ait bir kitabe bulunmuştur. Yapının bugün narteksi yoktur. Üç nefli ve üç apsislidir. Orta apsisin dışında kartal ve Güvercin kabartmalarına yer verilmiştir.

Merkez Kemerkaya Mahallesinde bulunan yapı, Sultan Abdülmecit’in emirleriyle Trabzon’a gelen yabancılar için 1869-1874 tarihleri arasında yapılmıştır. Halen kenti ziyaret eden yabancıların ibadetlerini rahatlıkla yaptıkları bir dini merkez konumundadır.

Tonya İlçesinin ilk kuruluşu hakkında kesin bir bilgi olmamakla birlikte, ilçenin kuruluşunun 13. yüzyılın sonları ile 14. yüzyılın başlarında olduğu anlaşılmaktadır. 1461 yılında Trabzon'un Türkler tarafından alınması ile Rum Pontus Devletinin egemenliği sona erer. Osmanlı dönemi yerli Rumlarla, göçmen olarak gelen Türklerin kaynaşması ile geçmiştir. Bu dönem içerisinde gerek Rum kültürü, gerek Türk kültürü birbirlerini etkilemişlerdir.