Yapı altınbaşlı Meryem Kilisesi( Chrysokephalos) olarak adlandırılmıştır. Yapılışı 914 yılına kadar inmektedir. Bu yapının manastır içerisinde bazilikalı planlı olarak yapıldığı sanılmaktadır. Bugünkü planın esası 12. yüzyılda gerçekleştirilmiş olmalıdır.

Araştırmacılar yapının 6 esas onarım devri geçirdiğini belirtmişlerdir. Kuzey girişi 14. Yüzyılda inşa edilmiştir. Zamanında şehrin başkilisesi, katedrali olduğu için yapının süslemesine önem verilmiştir.

Fetihten sonra camiye çevrilmiş ve belki de Fatih, ilk Cuma namazını burada kılmıştır. Fatih Medresesi de yapıya bitişik olarak kurulmuştur. Türk devrinde caminin esas girişi kuzeye alınmış, güney duvarının ortasına bir mihrap yerleştirilmiş, minber konulmuş ve minare yapılmıştır.

Mihrap taştan yapılmış olup, zengin bir süslemeye sahiptir. Selçuklu örneklerini hatırlatmaktadır. Ceviz ağacından yapılmış minber değerli bir sanat eseridir. Günümüzde cami olarak kullanılan bina yabancıların en çok ziyaret ettikleri yerler arasında yer alır.