على الرغم من عدم وجود معلومات محددة عن تاريخ تأسيس محافظة تونيا، إلّا أنه يتضح أن تاريخ تأسيس المحافظة يرجع إلى الفترة مابين نهايات القرن 13 وبدايات القرن 14. ومع حصول الأتراك على طرابزون في العام 1461 تنتهي سيادة دولة بونتوس.

خلال الفترة العثمانية قضت المدينة تاريخ في مزيج من السكان المحليين الرومان وتداخلهم مع الأتراك القادمين في شكل مهاجرين. حيث أنه خلال هذه الفترة كانت كل من الثقافة الرومانية والثقافة التركية تؤثران على بعضهما البعض على حد سواء. يتجلى هذا التفاعل والمزيج حتى الآن. حيث يمكن رؤية آثار هذا التفاعل في المعتقدات والعادات والتقاليد في بعض السكان المحليين.

بعد الحرب العالمية الأولى تم البدء في مشاركة وتقاسم الأراضي التابعة إلى الإمبراطورية العثمانية عن طريق الحلفاء كما تم غزو منطقة شرق البحر الأسود عن طريق الروس. تم إحتلال تونيا في تاريخ 16 يوليو 1916 عن طريق الروس لتتخلّص بعد ذلك من احتلال العدو عن طريق انسحاب القوات الروسية في تاريخ 17 فبراير 1918.

في تاريخ 5 مارس 1954 إنفصلت تونيا من واقفيكبير لتصبح محافظة مستقلة بذاتها. في السنوات التي كانت تونيا فيها محافظة كان إسمها أورطا محلّة.

على الرغم من تواجد مختلف الشائعات حول منح الإسم تونيا إلى المحافظة إلّا ان السبب الذي يعتبر قريب من الواقع على النحو التالي. كان أول المستوطنين في المنطقة هم الرومان حيث أن أحد الإقطاعيين منح إبنته هذه المنطقة في شكل مهر ليصبح إسم هذه المنطقة بعد ذلك هو تونيا.